医院设有脑病科、心病科、肺病科、脾胃病科、糖尿病肾病科、肿瘤科、肛肠科、ICU、康复科、骨伤科、外科、中医外科、皮肤科、妇产科、眼科、儿科、耳鼻喉科、检验科、手术室、麻醉科等临床科室和医技科室。
一、国家临床重点专科：骨伤科。
二、国家中医药管理局十二五重点专科：骨伤科、康复科。
三、福建省中医重点专科：心血管科、肺病科、糖尿病专科、妇科。
四、漳州市重点建设专科：脑病科、脾胃病科、肛肠科。
一、优势病种：四肢骨折脱位、关节半月板损伤、肩袖损伤、习惯性肩关节脱位、肘关节、踝关节伤病、骨盆髋臼骨折、颈椎病、肩周炎、腰腿痛、网球肘、骨关节炎、强直性脊柱炎、头晕、头痛、失眠、痴呆病、脑中风、冠心病、高血压病、急慢性心功能不全、高脂血症、心律失常、肺源性心脏病、心肌炎、风湿性心脏病、呼吸危重症与感染、慢性阻塞性肺疾病、哮喘、慢性咳嗽、肺癌、糖尿病足、糖尿病性视网膜病变、盆腔炎、卵巢囊肿、子宫肌瘤、输卵管积水。
二、优势技术：后路腰椎间单枚cage斜放椎间融合术、脊髓空洞症枕骨基底寰椎后弓切除减压枕颈融合术、寰椎非融合技术、可扩张管道（MASTQUADRANTTM）下腰椎微创术、人工髋关节置换术、肩关节置换术、肘关节置换术、膝关节置换术、关节镜微创技术、前后交叉韧带重建术、石膏矫形术、活皮跟腱松解术、断指再植术、游离血管蒂皮瓣移植术、静脉穿刺置管术、纤维支气管镜吸痰术、床边空肠管置入术、亚低温治疗、心肺复苏术、胸腔闭式引流术、腹腔穿刺引流术、腰椎穿刺术、骨髓穿刺术、床边超声引导下穿刺术、气管/支气管内支架置入术、气管和支气管瘘封堵术、肺癌放射性粒子置入术、腹腔镜下异位妊娠手术、附件切除术、卵巢肿瘤剔除术、子宫肌瘤剔除术、介入“子宫动脉栓塞术”、全子宫切除术、阴道镜及宫腔镜检查术、宫腔镜下取环术、子宫内膜息肉摘除术、宫颈锥切术、耳针、穴位贴敷、中药封包、中药熏药、针灸、艾灸、拔罐、中药灌肠、红外线理疗、生物陶瓷烫熨治疗、中医养生保健、中药灸法治疗糖尿病足、核桃眼镜灸法治疗糖尿病性视网膜病变、冰硝散外敷治疗重度浮肿、中药辨证口服配合中药灌肠、中药熏洗综合治疗慢性肾衰竭。
